Надо из первого списка удалить пустые элементы. Но из второго списка надо удалить элементы, индексы которых равны удаленным элементам из первого списка.
# список индексов, которые нужно удалить
a_idx = [k for k, v in enumerate(a) if not v]
a = [v for k, v in enumerate(a) if k not in a_idx]
b = [v for k, v in enumerate(b) if k not in a_idx]