Потому что при создании файла, компилятор его подтягивает, и автоматом считает рутом, поэтому компилирует в отдельный .css файл. Тебе надо настроить одну точку входа, либо несколько если надо, чтоб такого не происходило. Если в твоем инструменте этого сделать нельзя, тогда попроси разработчиков добавить и жди, либо сам добавь и сделай пул реквест.
Либо потрать полчаса и настрой webpack