Нормально ли если некоторые страницы сайта выпадают с поиска?
Смотря что считать за "норму".
Смотрите статус в кабинете "Вебмастера Яндекса - Индексирование - Страницы в поиске - Последние изменения - Статус и URL". См. скриншот.
Вас интересуют все статусы в колонке "Удалено". Кликаете по каждому и смотрите, под какими статусами выпадают URL из выдачи. В зависимости от статуса, делаете выводы и принимаете меры.