Сижу на Manjaro Gnome.
Недавно столкнулся с проблемой на фото.
Главное - если просто открываю проводник, то всё нормально. Квадратики появляются только при сохранении, открытии файлов браузером или другими приложениями.
Похоже на шрифты. Настройка - Регион и язык - нажать кнопку "управление установленными языками" - согласиться на установку пакетов, перезайти в сессию. Если не поможет то там же удалить и установить язык заново.