Вам нужно сделать программирование группировки элементов относительно подраздела. Как вариант это можно сделать в файле result_modifier.php компонента bitrix:catalog.section, что позволит изменить результирующий массив и вывести в шаблоне компонента в том виде как вам нужно.
Механизм такой:
1) Получаете подразделы и их ключи (ID) с помощью CIBlockSection::GetList
2) Получаете элементы CIBlockElement::GetList
3) Далее формируете ключ раздел и его элементы, как то так
$arNewsList[$arElement['IBLOCK_SECTION_ID']]['PRODUCTS'][$arElement['ID']] = $arElement;