SQL файлы уже сами по себе самодостаточны и содержат все необходимые запросы для восстановления базы.
И выполнять их можно не только в дружественном интерфейсе PhpMyAdmin, но и в любой среде, которая может подключиться к базе и сделать запрос.
Вы можете использовать хоть командную строку, хоть php для этих целей.
PS: Просто как новичку нужно разрушить в голове миф, что восстановление базы - это какая-то магия с бинарными файлами, которая делается в обход механизмов СУБД. Нет, восстановление - это такая же операция, которая делается определенным набором типичных запросов, не ломая порядок работы СУБД. Достаточно открыть SQL файл в текстовом редакторе, чтобы в этом убедиться.
