Хорошие RAID-контроллеры одновременно запоминают конфигурацию в энергонезависимой памяти и записывают её в служебные секторы дисков.
При загрузке контроллер проверяет соответствие записей и при расхождении данных либо корректирует настройки автоматически (например, если просто поменяли местами два диска), либо предлагает указать, какую из конфигураций использовать, с дисков или из памяти (например, при замене контроллера на аналогичный).