Отвечаю на вопрос: нужно запустить компилятор и указать в качестве параметра путь к исходному коду (см. справку компилятора). Также можно нажать f5 в студии или в меню выбрать пункт "собрать".
Теперь по поводу нерабочей программы. Кофейная гуща подсказала, что вам подойдёт утилита ilmerge.