Добавьте в providedCompile или providedRuntime те библиотеки из JBoss, которые у вас используются. При сборке war/ear gradle их не будет включать в архив.
А нельзя ли как-то более обзщно добавить? Просто я лично вижу большую проблему когда на продакшене юзается Jboss As 7.1.2, а в проекте понатыкано библиотек по отдельности, в итоге версии могут не совпадать.
Насколько мне известно, gradle сам ничего не знает про библиотеки, включенные в application server. А почему версии будут не совпадать? Вам достаточно добавть только те библиотеки нужных версий, которые непосредственно используются. Для IDE этого будет достаточно, чтобы корректно поддержать проект.
Я к тому что не будет ли это проблей, большой и серьезной когда я буду плодить депенденси для библиотке. больше и больше а потом решу перейти с jboss 7.1.2 на 7.2 и в итоге перелопачивать руками все библиотеки?