В общем вопрос решен.
Видимо phpQuery обламывается на большом кол-ве дом узлов, поэтому сделал так:
1.) Парсим содержимое head у вражеского сайта
2.) В моем случае - добавляем нужный тег в head
3.) Хитрой регуляркой (украденой из забугорных интернетов) получаем содержимое body
4.) Склеиваем и выводим
В итоге имеем что то такое
$url = 'http://habrahabr.ru/company/genue/blog/210610/';
$html = file_get_contents($url);
$doc = phpQuery::newDocumentHTML($html);
$doc['head']->prepend('<base href="'.$url.'" target="_blank"></base>');
preg_match("/<body[^>]*>(.*?)<\/body>/is", $html, $matches);
$new = '<html><head>'.$doc['head'].'</head><body>'.$matches[1].'</body></html>';
echo $new;
