Нужно написать код который устанавливает модуль без участия человека.
Это нужно для автотестов. Например в конце можно написать что нибудь на подобии:
if (!\Bitrix\Main\Loader::includeModule("mymodule"))
{
\Bitrix\Main\Diag\Debug::dumpToFile('mymodule не установлен!',"","mymodule _module.log");
return false;
}