Можно ли как-нибудь через free dns сервисы обеспечить работу не связанных между собой вещей: хостинга с доменом третьего уровня и регистратора доменных имен с доменом второго уровня?
То есть домен смотрит на ns сервера freedns, а freedns обеспечивает перенаправление на файлы хостера по домену третьего уровня.
При этом в адресной строке был виден домен второго уровня. То есть example.ru - это на самом деле blabla.herokuapp.ru, при этом неизвестен ip этого blabla.herokuapp.ru - вот в чем вся соль.
DNS не занимается вопросами перенаправления. Его задача преобразовать удобочитаемый алиас в IP-адрес и обратно. То что вы описываете делается средствами web-сервера вашего хостинга.