Отвечаю сам на свой вопрос - 
можно. Но поскольку я не обладаю никакой квалификацией в javascript, мое решение - не очень качественное.
Что нужно:
1 - писать в php файле код javascript без тегов  
<script></script>
2 - не назначать 
setRequestHeader
3 - запрос не асинхронный (false)
4 - вызвать php файл, который содержит javascript и php через 
eval
Неприятные камни:
1 php функция 
echo и ей подобные, работает только внутри javascript кода 
document.write('<?php echo "text"; ?> ');
2 стили нужно прописать так же, в 
document.write('<?php echo "<style></style>"; ?>');
3 документ с каждый обновлением, у меня, не заменяет, а добавляет результат - это большой минус, но я думаю 
над этим можно еще подумать.
Если камни мешают, можно просто создать 2ую AJAX функцию и в ней 
будет работать и PHP и  JAVASCRIPT, как отдельный сценарий.
Мой код:
добавил в index.php
<script type="text/javascript">
function sound() {
var xhr = new (window.XMLHttpRequest || ActiveXObject)("Msxml2.XMLHTTP");
xhr.open("POST", "sound.php", false);
xhr.send(null);
eval(xhr.responseText); 
}
setInterval(sound, 100);
</script>
sound.php (просто 
для примера)
<?php
$time = microtime(true);
?>
document.write('<?php echo "$time"; ?>');