Ведете таблицу в базе данных site_files, в которых как минимум присутствуют поля:
file_id - идентификатор файла (первичный ключ);
file_path - путь к файлу на сервере;
hash - хэш файла (от содержимого или случайная последовательность символов).
При необходимости можете хранить оригинальное имя файла, расширение, размер, дату создания и т.д.
Во время вставки файла на сервер, записываете сведения о нем в эту таблицу.
Делаете скрипт отдачи, доступный по адресу: site.ru/file_download или по параметру action=get_file
site.ru/?action=get_file&hash=18972198231
В этом скрипте определяете, что сведения о файле нужно искать по хэшу.
По хэшу находите file_path и отдаете по нему содержимое файла клиенту.
