Насчет директории - не знаю, а вот отдельный исходник в эклипсе можно легко переделать, "кастанув" "Ctrl+Alt+F" в любом окне редактирования исходного кода.
Причем в настройках можно менять стиль под который вы форматируете.
Например, меня "бесит" "стандартное" джавовское форматирование в той части, в которой оно опсиывает "скобочки".
Типа исходно оно выглядит так:
for (int i = 0, size = params.length; i < size; i++) {
p += getType(params[i]) + " param" + i;
}
Я же предпочитаю стиль когда скобочки одни над другими (это не правильно, но мне код в разы быстрее читать если оно так)
for (int i = 0, size = params.length; i < size; i++)
{
p += getType(params[i]) + " param" + i;
}
Так вот: эклипсину можно настроть и на тот, и на другой стиль принудительного переформатирования. И ещё на пяток предустановленных, или своих собственных.