Сколько у вас коннектов если CPU под 100%
если больше чем число ядер на сервере, ставьте pgbouncer и работайте через него.
используйте pgbadger для выявления медленных запросов, затем оптимизируйте их.
И остается открытым вопрос дисковой нагрузки, запустите iostat -x 5, если util% доходит до 100% то пишите, выдам еще пачку советов...