rc-update управляет системными сервисами, которые запускаются процессом init, запускаемым при старте системы. В контейнере же обычно запускается ровно одна программа, никакой инициализации системы с запуском кучи процессов не происходит. Так что надо запустить tor вручную. Ещё иногда внутри контейнеров используют лёгкие системы запуска сервисов типа runit, но ради одного tor разбираться с этим как-то жирно.
tor нужно запустить в режиме демона, чтобы после его запуска можно было запустить что-то ещё. Например, сделать скрипт, в котором запустить tor и сразу же нужное:
команда_запуска_tor >/dev/null 2>&1 &
команда_запуска_моего_приложения
Этот скрипт положить внутрь контейнера и использовать вместо изначальной команды.
Но это всё не docker-way. Красиво и по феншую запустить tor отдельным контейнером.