Отличие в том, что $APPLICATION->ShowTitle() использует возможности отложенного контента битрикса: то есть вызовом этого вы как бы говорите битриксу, что контент надо вставить сюда, битрикс, когда загрузит все компоненты.
$APPLICATION->GetTitle() возвращает текущее значение относительно уже подключенных компонентов.