как-то так ?<!-- 1 меню -->
<nav class="navbar navbar-default">
<div class="container-fluid">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-target="#menu-1" aria-expanded="false">
<span class="sr-only">Toggle navigation</span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a class="navbar-brand" href="#">Brand</a>
</div>
<div class="collapse navbar-collapse" id="menu-1">
<ul class="nav navbar-nav">
<li class="active"><a href="#">Link <span class="sr-only">(current)</span></a></li>
<li><a href="#">Link</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</nav>
<!-- 2 меню -->
<nav class="navbar navbar-default">
<div class="container-fluid">
<div class="navbar-header">
<button type="button" class="navbar-toggle collapsed" data-toggle="collapse" data-target="#menu-2" aria-expanded="false">
<span class="sr-only">Toggle navigation</span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
<span class="icon-bar"></span>
</button>
<a class="navbar-brand" href="#">Brand</a>
</div>
<div class="collapse navbar-collapse" id="menu-2">
<ul class="nav navbar-nav">
<li class="active"><a href="#">Link <span class="sr-only">(current)</span></a></li>
<li><a href="#">Link</a></li>
</ul>
</div>
</div>
</nav>
Но вам лучше пересмотреть интерфейс, два бутерборода быть не должно, мало того 99% процентов сайтов обходятся без них. Так что пересмотрите интерфейс.