так же должна сохраняться к коллекцию, в тот документ который был создан с первого Select, но создаётся новый документ с данными.
Очевидно что вы вместо обновления существующего создаете новый. Чтобы это изменить, надо перестать создавать новый, а вместо этого обновлять существующий. Тут вам upsert подойдет.
Как можно отвести один документ на одного пользователя, что бы на каждого пользователя был свой документ в коллекции mongodb.
в каждый документ сохраняйте какой-нибудь id пользователя, потом каждый раз ищете, есть ли уже документ для нужного id, если есть, обновляете, если нет - создаете новый.