потому что у тебя фиксированная высота шапки. Старайся никогда не задавать высоту блокам вообще. Только в очень крайних случаях. Это очень плохая практика.
А можно по подробней, получается, если мы задали height элементу header, из-за этого у него смещается отступ?
Может есть какой материал, где описано это поведение?
Сергей Сунцев, у тебя элементы выровнены по центру хедера а не за счет отступов менб становится выше поэтому все смещается
сами отступы никуда не деются