Зачем вам это придумывать, когда это уже есть либо в
Yii2 модули, либо на примере
Symfony Bundle? В целом вы правильно мыслите. Примерно так и работает Yii2. Поэтому можете посмотреть пример на этом фреймворке.
А вообще система модулей стараются исключать в современных фреймворках. Например, в Yii3 уже их не будет. Модули в приложении разделяться только по
namespace и эти модули не общаются друг к другу на прямую. У вас будут такие папки вроде Blog, Shop, Comment, CRM и так далее.
