Если причины для аффилирования есть - саффилируют (не суть: алгоритмически вычислят или конкурент настучит).
Если причин для аффилирования нет - то и аффилировать нечего. Логика проста вроде бы?
С причинами можно ознакомиться в поиске:
yandex.ru/yandsearch?text=%D0%B0%D1%84%D1%84%D0%B8...
В общем случае причина в:
1. в подтверждении факта принадлежности сайтов одному владельцу
2. и фиксировании того, что все они (сайты) продвигаются по одной тематической группе запросов.
Признаки, по которым вычисляется аффилиат, также можно найти в поиске.