JIRA гибкая и мощная, подходит для крупных компаний, но сложная в настройке, YouTrack проще и интуитивнее, лучше для небольших команд. Для удалённой работы можно рассмотреть еще remote.team, он объединяет чат и задачи, защищён шифрованием, прост в освоении, но у него пока нет видеоконференций и интеграций меньше, чем у JIRA, в общем не попсовый сервис, но вполне достойный как по мне.