Если клиент на flash, то не вижу проблем использовать стандартные tcp sockets, это ведь не js в браузере и никто не запрещает.
Сервер, как на меня, лучше сделать на node.js, чем на php, так как у последнего изначально иная природа (хоть и есть всякие php-daemon). Если будут какие-то тяжелые вычисления на сервере, то с node.js можно их пробрасывать на тот же php, дабы не грузить node.js (она однопоточная, не забываем об этом).
В качестве альтернативы также могу посоветовать использовать
Go. Сервер на нём пишется не медленнее, чем на node.js, он может работать не только в одном потоке, потому тяжелые вычисления, в принципе, можно и не выносить за пределы. Компилируется. А также гораздо богаче инструмент для асинхронных взаимодействий прямо на уровне языка, а не библиотек.