Когда на одном IP находится несколько доменов/сайтов, то веб сервер, при обращении к нему по IP, отдаст первый попавшейся сайт (первый сайт из конфига всех сайтов).
Это плохо, тк сайт начнёт индексироваться и по домену и по IP-адресу.
Поэтому вместо него надо сделать сайт-заглушку. Отдавайте на этой заглушке 404 not Found, чтобы не грузить сервер.
Если делать руками - то этот сайт-заглушку прописывают первой в конфиге всех сайтов.
Если через ISPmanareg (нужен доступ к уровню суперпользователя root), то создайте в разделе WWW-домены домен с любым левым названием, Выберите для него тот же IP-адрес, что и у ISPmgr и отметьте на форме создания домена галку "Приоритетный" (как написал archelon). После этого по IP-адресу будет открываться созданный домен-заглушка.
PS: В логах этого сайта-заглушки будет отражаться сканирование по IP-адресу - будете знать кого блокировать.