Вебпак используется как сборщик, для того, чтобы минифицировать код, сжать бандл, разделить бандлы, подключить полифилл и т.д.
Для node.js это не нужно. Код выполняется на сервере, так же ноде не нужны полифиллы т.к. среда исполнения не браузер и там не нужна совместимость