Храните где удобнее, здесь нет каких-то жестких ограничений. Конфиг конкретного проекта может лежать в папке проекта, в вашем домашнем каталоге, в /etc/nginx/conf.d или /etc/nginx/sites-available - где вам больше нравится. И это абсолютно нормально подключать их из основного конфига - собственно, стандартная конфигурация по умолчанию именно это и делает - подключает все конфиги из папки conf.d.
Единственный момент - старайтесь не держать конфиг nginx в корневой папке веб-сайта, чтобы он не был доступен через веб. Ну или хотя бы доступ к нему закройте в том же самом конфиге.