<span id="points">000</span>
var targetScore = 42; //временное значение
$('.target-item').click(function(){
$(this).addClass('active');
$(this).html(targetScore);
var total = 0;
$('.target-item').each(function(){
total += Number($(this).text());
});
$('#points').html(total);
});
// использовать как-то так:
// $('#points').html(pad(total, 3, '0'));
function pad(n, width, z) {
z = z || '0';
n = n + '';
return n.length >= width ? n : new Array(width - n.length + 1).join(z) + n;
}