Можно ли включить все *.conf из папки игнорирую один или несколько конфигов?
В конфигу указано включать в себя конфигурационные файлы из соответствующей папки
include /etc/nginx/special-conf/*.conf;
В этой папке есть конфиг sipx.conf. Его не нужно включать, но он должен остаться на месте.
Можно ли его как-то заигнорировать при импорте?
для этого и используют enabled avalabled
поскольку в ондй лежат конфиги а в другой линки на них но подключаются именно папка с линками.
в таком варианте вы можете не удалять конфиги и подключать их
Создайте директорию /etc/nginx/special-conf-enabled, укажите в основном конфиге nginx - брать конфиги из этой директории и сделайте в эту директорию необходимые симлинки из /etc/nginx/special-conf
