Два варианта (с и без псевдопременых) как сделать IN в PDO хорошо описано тут:
https://phpdelusions.net/pdo#in
Но как правильно сделать два (upd: два одинаковых) IN ?
Без псевдопеременых прийдётся мерджить массив сам с собой.
А одну псевдопеременную нельзя использовать в запросе более одного раза.
Какое из двух зол меньше?