Единственный вариант, который возможен:
Находите флаг в UD, и смотрите или он стоит. Возможно мигрируете с новым ключом. Если такого флага нет - выпускает апдейт, где для всех ставите этот флаг (можно проверить если версия такая-то, то записать флаг).
Через некоторое время выпускаете обновление, флаг уже не ставите, приложение делаете бесплатным. Пока пользователь не удалил приложение, флаг будет у вас.
Похожая система, но чуть более замороченная - предложить пользователям сделать покупку за 0$. Покупка запишется, и теперь после удаления приложения вы не потеряете флаг.
Способа чекнуть напрямую без флага нет.