Пример с чтением\записью для первого, с остальными разберетесь
static void Main() {
StreamReader sr = File.OpenText(@"D:\mytext.txt");
List<string> data = new List<string>();
while (!sr.EndOfStream)
data.Add(sr.ReadLine());
sr.Close();
StreamWriter sw = new StreamWriter(File.Open(@"D:\mytext.txt", FileMode.Create));
var exp = new List<string>() {"a", "o", "а", "о"};
data = data.Select(s => exp.Contains(s.Trim().ToLower()) ? "1" : s).ToList();
foreach (var v in data)
sw.WriteLine(v);
sw.Close();
}