Пытаюсь настроить почту Mail для бизнеса, т.е привязать маил к своему домену.
Проблема в том что домен зарегистрирован на старом naunet.ru, где нет такой возможности как изменить MX записи. Можно ли прописать настройки MX записей в ispmanager, там где он хостится?
Если "там где он хостится" предоставляются 2 IP адреса в разных подсетях класса C, то да - можно. Домен нужно будет делегировать на эти IP.
Но вообще - help.yandex.ru/pdd/hosting.xml вам в помощь. Проще будет.