У меня абсолютно та же история, и точно так же раздражает. Несколько раз писал в техподдержку, ответов не получил. Поиск подходящих готовых ответов на сайте Скайпа тоже ничего не дал - там нет этого варианта. Отсюда я делаю вывод, что они не считают эту проблему массовой и достойной разбирательства. Советовался на форуме ixbt - никто ничего толкового не посоветовал.
Допускаю, что технари MS правы (конечно, если я правильно угадал), и тогда получается, что у меня и у вас такая неудачная конфигурация железа (и вдобавок редкостная!) - а на что ещё сослаться?
Я вышел из положения таким манером: перешёл на Скайп-онлайн в отдельной закладке браузера. Ни со Скайпом-онлайн, ни с андроидным Скайпом на смартфоне такой проблемы не возникает, несмотря на то, что версия во всех трёх случаях одна и та же.
Кстати, интересный момент: а как ведёт себя плашечный Скайп в W10 и W8.1? Тоже теряет авторизацию при очередном обновлении? Плашечный метро и десктопный - это ведь две совершенно разные программы. Сам я не могу это проверить, поскольку давным давно удалил у себя все метро-приложения (ну ненавижу я их).
Как покопаться в самом скайпе чтобы сохранять пароль при автообновлении вам вряд ли кто-то напишет.
А если вы хотите выяснить точно электрон ли это и как в него залезть то гуглите "unpacking electron app"