Ведите счетчик setов и добавляйте его значение к имени переменной. Схематично так:
setlocal enabledelayedexpansion
set "count=0"
for /f "tokens=*" %%1 in ('dir /b z:\Doki') DO (
set /a "count=!count!+1"
set "G!count!=%%1
)
Для справки смотри:
set /?
for /?
setlocal /?