Для Mysql пробросьте порт к себе на локальную машину ssh-туннелем.
quintagroup.com/services/support/tutorials/mysql-w...
Потом подключайтесь к localhost. Ну и mysql на сервере должен слушать 127.0.0.1 (то есть не должно быть включено опции skip-networking). Так же, если пользователю говорят access denied, то нужно создать пользователя с доступом с хоста 127.0.0.1, а не с localhost (localhost в mysql - всегда сокет).
Предложенный выше вариант про создание пользователя с удаленным доступом крайне небезопасен - трафик в mysql не шифруется, можно выловить и запросы, и ответы.