Работает везде одинаково. Есть уже готовые сборки. Собирайте под тем, по чем умеете работать, ведь обслуживать его будете вы. Если ничего не умеете, то исходите из того, под чем бы вам хотелось научится работать.
Я для себя выбрал Centos, т.к. в дальнейшем планирую в сторону RedHat смотреть и корпоративной среды.
