Скорее всего связано с тем как много у вас файлов, насколько заполненны диски и как удаляются данные ssd.
в отличии от hdd, ssd - нужно выполнить гораздо больше манипуляций.
описание:
https://recovery-software.ru/blog/how-ssd-drives-p...
для удаления попробуй запускать с более низким приоритетом
ionice -c2 -n7 КОМАНДА
а ещё можно по крону, в момент наименьшей нагрузки сервера, например ночью
на определённое время. примерно так, совместив совет, что приводили ранее:
0 02 * * * /usr/bin/timeout 18000 /usr/bin/flock -n /tmp/remove_files.lock -c "ionice -c2 -n7 find /path/to/folder -name "*" -type f -print | xargs -P 0 /bin/rm -f"
процесс удаления будет запускаться каждую ночь с 2ч и до 7 утра. (/usr/bin/timeout 18000 = 5ч)