Если индексы всегда будут совпадать, то так
$(el).css('animation', `shadow-pulse-${$(el).index} ${1 + Math.random() * 3}s`);
Если нет, то задать каждой точке свой data-атрибут, который будет содержать имя\расширение класса и точно так же поставлять атрибут