Ну, не зная, что ты там понаписал, так и не скажешь.
Если есть вычисление сложных выражений, логично выделить Tokenizer(разбивает строку на токены) Parser(осуществляет синтаксический разбор выражения, представленного в виде списка токенов), Calculator (вычисляет разобранное синтаксически верное выражение, например, с помощью польской инверсной записи).
Если есть интерактив(ввод/вывод на консоль, окна), имеет смысл сделать MVP или MVC.