добавлял в crontab строку @reboot root /usr/local/etc/flash_mysql_flags.sh (без root тоже)
flash_mysql_flags.sh - кастомный скрипт. По уму его нужно положить в /usr/local/sbin и дать права выполнения
chmod 755 flash_mysql_flags.sh
создайте рутовый crontab и укажите свою команду
crontab -u root -e
Укажите пути в переменную PATH и желаемую команду
@reboot flash_mysql_flags.sh
в /var/cron/allow должен быть root
crond (или что там используете, должен быть запущен)
и читайте логи /var/log/cron