А старое-доброе табличное решение вам не подойдет? Прикол в том, что iframe внутри td расширяется только на его размер, таким образом если создать таблицу с двумя ячейками и таблице указать 100% высоты а первой ячейке 100 пикселей, то оставшаяся ячейка займет остаток пространства, а размещенный в ней фрейм не вылезет за его рамки.
Как то так:
jsfiddle.net/KqrPd/