Всё зависит от степени "уникальности" папок.
Можно предложить следующий способ:
Берёте имена файлов, их размеры и даты изменения.
Сортируете их по имени файла.
Складываете в один файл/строку и считаете хеш.
Это будет работать при определённых допущениях: что у вас нет злоумышленника, который подменит содержимое файлов без изменения их размера и даты изменения.