Разбивай на компоненты код - и потом на сборку. Как весь мир фронтенд собирает
В момент когда будешь спагетти css разбирать на секции - ты найдешь неиспользуемые стили.
Но это в трио: css, html, js - только так найдешь по всем.
Еще вариант - я вижу что css с душком (без префикса, без BEM и т.д.) - то провожу поиск этого имени по всему проекту. В коде, верстке в js - он найдет все вхождения. Если не найдет - смело удаляй. Но - при условии что ты знаешь как работает проект. А то наломаешь дров если там зависимость от чего-то с третьей стороны идёт.
css не чистить надо. Его надо разбивать на модули - файлы. И тогда бардака не будет. И объединять все файлы тем же вебпаком