Я вам больше скажу. jQuery тоже использует Babel. Создатели пишут код на ES6+, а Babel делает из него код ES5 (или как вы укажите в настройках). На главной странице хорошо показано как он работает.
jQuery — библиотека, Babel — транслятор (переделывает (транслирует) код, который вы написали)
Если вы использовали Jquery только для кроссбраузерности (что для меня странно) то да, можете писать на чистом JS используя последние его фишки и прогонять через babel.
На дворе 2020 год, нет никакой нужды использовать Jquery.
Большинство клиентов уже не использует IE в принципе. Если вам очень нужна поддержка IE, то да, Babel поможет.
Неграмотный ответ абсолютно. Во-первых, не отвечает на поставленный вопрос от слова совсем, во-вторых, 2020 год с jquery никак не связан, в-третьих, IE используют много крупных фирм, у которых контракты на ПО были заключены относительно давно с компанией Майкрософт, например. Поэтому отталкиваться надо от целевой аудитории и трафика.
