Неудивительно))
В конфигах сайты должны быть разнесены, хотя бы в разных папках лежать и разную адресацию иметь, это возможно?
Иначе пересечение неизбежно.
В таком случае проверяйте конфиги, основной в /core/config, остальные конфигурационные файлы, есть есть настройки в контекстах, то еще и там. Должно быть различие, может забыли что где поправить?
almenovr, файлы
config.core.php
/manager/config.core.php
/connectors/config.core.php
/core/config/config.inc.php
Во всех файлах нужно изменить пути на актуальные, плюс, в последнем файле выставить правильные настройки БД. Тогда всё заработает.