Скопировать этот файл в шаблон и подключить в шаблон? А как тогда отключить встроенный скрипт?
1. Скопировать - да, подключится он сам (если называться будет script.js),
2. Отключить встроенный - нет, в javascript функции можно переопределять. Т.к. подключение - компонент->шаблон компонента, твоя функция с таким же названием переопределит встроенную.
Другой вариант, если переопределять не хочешь - вместо переопределения функции меняешь ее название, эта функция вызывается в template.php там тоже меняешь название