В sysinternals suite (предоставляется микрософт бесплатно) есть ПО позволяющее мониторить и реестр и файловую систему. Начиная с этапа установки приложения стартуете мониторинг, затем при типичной работе приложения. Объединяете информацию мониторинга и получаете искомое.
Это можно провернуть, если приложение это какая-нибудь маленькая утилита.
Но если приложение "среднее" или еще больше, то этот процесс будет очень трудозатратен. Мониторниг реестра обычно выдает сотни (если не тысячи) обращений к реестру, с файловой системой так же.
Обычно бывает проще в ручную прошерстить реестр (HKLM и HKCU) по ключевым словам приложения, проверить Program Files, профиль Public (All Users) и профиль пользователя.
