bozuriciyu, docker kill - это грубо, к примеру если приложение записывает в этот момент какие-то данные, а его внезапно убили - оно не успеет сохранить эти данные, в итоге файл может оказаться недописан.
Если вам безразлична целостность файлов и контейнер собираетесь в дальнейшем удалять - смело используйте kill. Или если приложение в контейнере только читает данные, но ничего при этом не пишет. В остальных случаях - лучше использовать stop, это даст приложению немного времени, чтобы сохранить нужные данные и нормально завершить свою работу.